Der Sage nach begegneten Holzknechten öfter an den Vorabenden hoher kirchlicher Marienfeste Lichterscheinungen auf dem heutigen Kirchenhügel, welche erst endgültig verschwanden, als eine Wallfahrtskirche mit Hauptaltar und zwei Seitenaltären erbaut wurde.
Obwohl „erst“ 1626 erbaut, hat die Klosterkirche Maria Eck und die Wallfahrt an diesem Ort bereits eine sehr wechselvolle und hart umkämpfte Geschichte hinter sich. Hier die geschichtliche Entwicklung in chronologischer Folge und gekürzter Form:
Vor 1600 befinden sich auf dem heutigen Gelände von Maria Eck die drei Alphöfe: Vorderegg-Alpe,Mitteregg-Alpe und Hinteregg-Reitalpe. 1618 – 1635 kauft das Kloster Seeon nach und nach diese Güter. 1626 Errichtung einer kleinen Kapelle auf dem Hügel im Vorderegg. Zu dieser Kapelle entwickelte sich aus der Notlage des 30-jährigen Krieges heraus, eine Wallfahrt.
1636 wird die erste kleine Kirche durch einen größeren Bau (Hochaltar mit zwei Seitenaltären) ersetzt. 1636 wird eine erste Gastwirtschaft für die Wallfahrer errichtet. 1638 ist das Mesnerhaus gebaut worden (Abbruch ca. 1960). 1664 errichtete man einen neuen Klostergasthof. 1730 wird das Klostergebäude oberhalb der Wallfahrtskirche errichtet.
1803 Beginn der Säkularisation. Die Auflösung und der Verkauf von Maria Eck verzögert sich, da Maria Eck nicht zu Bayern, sondern zu Salzburg gehörte. Ab diesem Zeitpunkt betreibt Pfarrer Lechner/Siegsdorf intensiv die Aufhebung der Wallfahrt nach Maria Eck. Am 15.8.1804 folgte die Sperrung und anschließende Ausräumung der Kirche. Die beiden letzten noch ausharrenden Pater verließen Maria Eck. Es beginnt der Kampf der Bevölkerung aus den umliegenden Orten für die Erhaltung und Wiedereröffnung der Wallfahrtskirche.
Einheimische Bauern und Holzknechte verhindern am 13.9.1806 den befohlenen Abbruch der Wallfahrtskirche Maria Eck. Pfarrer Lechner von Siegsdorf und der Rentamtsbote von Traunstein, unter deren Aufsicht die Abbrucharbeiten erfolgen sollten, werden von der aufgebrachten Menge gestellt und erhalten eine Tracht Prügel.
Ab 1808 versuchen die fünf Gemeinden, Siegsdorf, Inzell, Vachendorf, Bergen und Ruhpolding die Öffnung der Wallfahrtskirche wieder zu erreichen.
1810 Grundstücke und Gebäude von Maria Eck gehen im Rahmen einer Versteigerung an Privathände über (außer die Kirche und zwei Kapellen).
1812 Versteigerung der Wallfahrtskirche und der Kapelle (einen Monat später Anullierung dieses Vorgangs). Bereits ab 1814 blühte die Wallfahrt wieder auf. In einer beispiellosen Gemeinschaftsaktion und als Antwort des Volkes auf die vorangegangen Bestrbungen des Abbruchs erfolgte im Oktober 1826 der Bau einer Wallfahrtsstraße von Siegsdorf nach Maria Eck. In nur 12 Tagen schufen 1.274 Mann - gänzlich ohne Lohn - und 391 Wagen dieses aufwendige Werk. 1890 kauft Pater Totnan Seehuber das Gut Maria Eck. Am 15.8.1891 übernehmen die Franziskaner-Minoriten die Wallfahrtsseelsorge in Maria Eck. 1901 vererbt Pater Seehuber die Güter in Maria Eck an das Franziskaner-Minoritenkloster Würzburg.
1937 wird ein Verbot der Wallfahrten von den Nationalsozialisten verfügt, was aber nicht allzu lange anhielt. Neben den zahlreichen Wallfahrten aus verschiedensten Gemeinden finden seit kurz nach dem 2. Weltkrieg jährlich regelmäßig einmal die traditionelle Trachtenwallfahrt des Gauverbandes und die Wallfahrt der Krieger- und Soldatenkameradschaft nach Maria Eck statt.
